Die Aganippe Fossa hat eine Länge von etwa 600 Kilometern, die begrenzenden Grabenwände liegen drei bis sieben Kilometer auseinander. Wie der „Graben der Aganippe“ entstanden ist, wird noch diskutiert: Einige Theorien besagen, dass der Graben tektonischen Ursprungs und durch eine vulkanisch verursachte Dehnung der Marskruste entstanden ist. Somit könnte es sich um ein isoliertes Mitglied der Thaumasia Fossae handeln, einer Gruppe von Grabenbrüchen weiter südlich in der Tharsisregion. Es könnte aber auch die Entstehung von vulkanischen Gängen in einer späten Aktivitätsphase des Olympus Mons zu der Bildung der riesigen Gräben in der Region geführt haben.

Die Morphologie der Aganippe Fossa, lässt andererseits vermuten, dass diese langen Vertiefungen durch den Einsturz darunterliegender Lavaröhren entstanden sind. Solche kettenförmigen länglichen Einsturzstrukturen sind typisch für Vulkanregionen und entstehen, wenn die äußeren Schichten eines Lavastroms abkühlen. Sie erstarren, während der Lavastrom im Inneren durch diese „Isolationsschicht“ weiterströmt und schließlich abfließt, wodurch ein Hohlraum, eine Art Tunnel, entsteht. Im Laufe der Zeit stürzt die Decke dieses Tunnels ein, und der halbröhrenförmige Fließkanal bleibt übrig. Dieser Prozess tritt häufig bei basischen Lavaströmen mit niedrigem Siliziumanteil auf, die relativ dünnflüssig sind und weite Strecken fließen können.